Upplandsmuseet är en stiftelse. Huvudmän för stiftelsen är Landstinget i Uppsala län och Upplands fornminnesförening och hembygdsförbund. Huvudmännen utser ledamöter till museets styrelse.
Landsantikvarien är chef för Upplandsmuseet.
Museiverksamheten är organiserad i sex avdelningar som vardera leds av en verksamhetsansvarig chef.
Landsantikvarien och avdelningscheferna bildar tillsammans museets ledningsgrupp.
Avdelningarna är:
- Forskning
- Samlingar
- Arkeologi
- Kulturmiljö
- Kommunikation
- Administration
Länshemslöjdskonsulenterna är också en del av Upplandsmuseet vilka organisatoriskt sorterar direkt under landsantikvarien.
Den museitekniska funktionen sorterar under kommunikation.
