Upplandsmuseet är en stiftelse. Huvudmän för stiftelsen är Landstinget i Uppsala län och Upplands fornminnesförening och hembygdsförbund. Huvudmännen utser ledamöter till museets styrelse.
Landsantikvarien är chef för Upplandsmuseet.
Museiverksamheten är organiserad i fem avdelningar som vardera leds av en verksamhetsansvarig chef.
Landsantikvarien och avdelningscheferna bildar tillsammans museets ledningsgrupp.
Avdelningarna är:
- Forskning och kunskapsuppbyggnad
- Arkeologi
- Kulturmiljö
- Utställningar och undervisning
- Kansli och ekonomi
Länshemslöjdskonsulenterna är också en del av Upplandsmuseet vilka organisatoriskt sorterar direkt under landsantikvarien.
Den museitekniska funktionen sorterar under avdelningen för utställningar och undervisning.