Avdelningen för Forskning genomför olika forsknings- och dokumentationsprojekt inom museets tre profilområden. Här planeras och samordnas även Upplandsmuseets långsiktiga gemensamma vetenskapliga strategier.
Upplandsmuseet genomför kontinuerligt dokumentationer av människors livsvillkor i dagens Uppland. Museet är medlem i SAMDOK, de svenska kulturhistoriska museernas sammanslutning för samtidsinriktad insamling, dokumentation och forskning.