Avdelningen för Forskning och kunskapsuppbyggnad genomför olika forsknings- och dokumentationsprojekt inom museets tre profilområden. Här planeras och samordnas även Upplandsmuseets långsiktiga gemensamma vetenskapliga strategier.
Upplandsmuseet genomför kontinuerligt dokumentationer av människors livsvillkor i dagens Uppland. Museet är medlem i SAMDOK, de svenska kulturhistoriska museernas sammanslutning för samtidsinriktad insamling, dokumentation och forskning.
Till avdelningens verksamhet hör också ansvaret för Upplandsmuseets kulturhistoriska samling. Här handhas förvärv, vård och registrering, och flera av avdelningens medarbetare har därför sina arbetsplatser i museets magasin i Morgongåva.
Avdelningen organiserar och samordnar Upplandsmuseets arkivservice till allmänheten
och ger rådgivning i kulturhistoriska frågor i Faktarummet.